平成17年４月より個人情報保護法が全面施行され、各方面で、個人情報の適正な取り扱いの確保が義務付けられている。学術研究に関しては、憲法上担保されている「学問の自由」への配慮から、本法では、大学その他の学術研究を目的とする機関等が、学術研究の用に供する目的をその全部又は一部として個人情報を取り扱う場合については、法による義務等の規定は適用しないこととしている（法第50条第１項）。しかし、このような場合においても、当該機関等は、自主的な個人情報の適正な取り扱いを確保するための措置を講ずることが求められていることから（法第50条第３項）、研究を実施するにあたっては、分野ごとに策定された関連指針に従うことが必要となる。
日本消化器がん検診学会会員が実施する研究に関しても、その方針で実施されることが求められるが、本学会会員が実施する研究は、純粋な疫学研究や臨床研究のほか、両者の領域を統合した臨床疫学研究、あるいは保健施策として実施されている検診事業の政策評価や経済評価に関する研究など、広範な領域を包含している。本学会会員が学術集会での発表や論文投稿の形式で公表する研究については、その研究内容に応じて下記に示す関連指針に従って実施するものとする。

人を対象とする医学系研究に関する倫理指針
　　　厚生労働省，文部科学省　平成26年12月22日公布，平成27年4月1日実施，
　　　平成29年2月28日一部改正

ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針
　　　厚生労働省，文部科学省，経済産業省　平成26年11月25日一部改正，
　　　平成29年2月28日一部改正

医療・介護関係事業者における個人情報の適切な取扱いのためのガイダンス
　　　厚生労働省　平成22年9月17日改正，平成29年5月30日適用

症例報告を含む医学論文及び学会研究会発表における患者プライバシー保護に関する指針
　　　外科関連学会協議会　平成25年2月8日全部改正，平成26年11月25日一部改正，平成29年2月28日一部改正

臨床研究法
　　　厚生労働省　平成29年4月14日公布，平成30年4月1日施行

平成17年10月6日理事会承認
平成19年8月16日一部改正
平成21年11月12日一部改正
平成21年12月２日一部改正
平成27年10月9日一部改正
平成30年9月6日一部改正
令和元年6月13日一部改正